Unsere Geschichte beginnt mit dem Anthropologen Jake Higgins und seiner Frau Mia (einer Linguistin), die tief in den Amazonas-Dschungel reisen, um den unkontaktierten Yabahuaca-Stamm zu finden. Ihr Hauptziel ist es, die Geheimnisse dieser isolierten Ureinwohner zu erforschen. Mia besteht darauf, den ersten Kontakt allein herzustellen, lässt ihre Ausrüstung im Lager und verschwindet im Dschungel. In den ersten Tagen kommuniziert sie häufig über Funk mit Jake. Am 32. Tag hallt jedoch ein furchterregender Schrei über das Funkgerät: Mia schreit, dass sie in Gefahr ist, dass der Stamm sie angreift und sie wegrennt. Der panische Jake stürzt in den dunklen Wald, wird von Kriegern des Stammes gejagt, stürzt von einer Klippe, verliert sein Gedächtnis und erwacht in der schrecklichen Isolation des Spiels.

Als er aufwacht, ist sein einziger Besitz ein funktionierendes Funkgerät. Mia ist am anderen Ende, aber ihre Stimme klingt distanziert und seltsam. Während Jake lernt, von Grund auf zu überleben, entdeckt er von dem Stamm zurückgelassene 'Ayahuasca'-Schalen. Jedes Mal, wenn er dieses Gebräu aus mystischen Pflanzen trinkt und am Feuer träumt, kehrt ein Teil seines Gedächtnisses zurück. In seinen Visionen erinnert er sich, dass sie den Stamm tatsächlich schon einmal getroffen hatten, dass Mia unheilbaren Krebs hatte und dass sie in den Dschungel gekommen waren, um die wundersamen Heilfähigkeiten des Stammes zu nutzen, um das Geheimnis zu lüften, das sie retten würde.

Tief im Dschungel findet er auf der Suche nach Hinweisen riesige, verlassene Hightech-Forschungszelte (Lambda 2). Dieses Gebiet gehört einem riesigen brasilianischen Unternehmen namens Omolú Corporation. Das Unternehmen hatte Jake massiv finanziell unterstützt und ihn gebeten, das wundersame Heilungsgeheimnis des Yabahuaca-Stammes zu stehlen. Jake erkennt, dass er kein unschuldiger Forscher ist; er hat seine Seele an den Teufel (das Unternehmen) verkauft, um seine sterbende Frau zu retten und Arztrechnungen zu bezahlen. In diesem Lager liest er Aufzeichnungen, in denen steht, dass die Einheimischen gewaltsam als Versuchskaninchen benutzt wurden.

In der letzten Ayahuasca-Sitzung erinnert sich Jake an alles. Mia hat ihren Krebs tatsächlich mit dem Geheimnis (einer Pilzart) besiegt, das ihr der Stammes-Schamane gegeben hat! Das Unternehmen Omolú nahm jedoch diesen Pilz, testete ihn im Labor und setzte ein hohes, tödliches altes Virus frei, gegen das die Einheimischen immun waren. Die halbe Weltbevölkerung beginnt durch dieses Virus zu sterben. Mia ist wieder krank, aber dieses Mal ist sie Opfer des neuen Virus. Jake erkennt erschreckend, dass es sein eigentliches Ziel ist, ein Gegengift zu finden, um die Welt zu retten und seine Schuldgefühle abzubauen. Die Stimme von Mia im Funkgerät ist eine große Halluzination.

Jake betritt das letzte Labor und versucht, ein Heilmittel zu synthetisieren, indem er infizierte Blutröhrchen mit verschiedenen Dschungeleigenschaften mischt. Wenn der Spieler (Gutes Ende) einen Pfeilgiftfrosch in den Analysator legt, meldet die Maschine '100% Antikörper gefunden'. Jake nimmt das Heilmittel, wird per Hubschrauber evakuiert und bringt der Menschheit die einzige Überlebenschance. Wenn der Spieler ohne das Heilmittel geht (Schlechtes Ende), verliert Jake den Verstand. Der Kreislauf beginnt von vorn. Er wacht im Dschungel auf und ist in einem endlosen Albtraum gefangen.